home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00596 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  38 lines
  1. ******************************************************
  2. * Stress-induced proteins SRP1/TIP1 family signature *
  3. ******************************************************
  4.  
  5. It has  been  recently shown [1]  that three yeast proteins,  two of which are
  6. known to be induced by various stress conditions, are structurally related and
  7. are probably part of a larger family. These proteins are listed below.
  8.  
  9.  - Serine-rich protein 1 (SRP1). SRP1 is induced by glucose [2].
  10.  - Temperature-shock inducible protein 1 (TIP1).  TIP1 can be induced  by both
  11.    cold and heat shocks [3].
  12.  - Cold-shock inducible protein TIR2 [4].
  13.  - YCR104w; a hypothetical 13.2 Kd protein on yeast chromosome III.
  14.  - YKL224c; a hypothetical 13.0 Kd protein on yeast chromosome XI.
  15.  - SYGP-orf12. A hypothetical 12.8 Kd protein in AFG1-CYC7 intergenic region.
  16.  
  17. These proteins all seem to start with a putative signal sequence followed by a
  18. conserved domain  of about 90 residues.  In SRP1, TIP1 and TIR2 this domain is
  19. followed by  a  repetitive  serine  and alanine rich region absent in YCR104w,
  20. YKL224c and in SYGP-orf12.
  21.  
  22. As a signature pattern for this protein family, we selected a region at the C-
  23. terminus of the conserved domain.
  24.  
  25. -Consensus pattern: P-W-Y-[ST](2)-R-L
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28. -Last update: June 1994 / Text revised.
  29.  
  30. [ 1] Bork P., Ouzounis C., Sander C., Scharf M., Schneider R., Sonnhammer E.
  31.      Protein Sci. 1:1677-1690(1992).
  32. [ 2] Marguet D., Guo X.J., Lauquin G.J.-M.
  33.      J. Mol. Biol. 202:455-470(1988).
  34. [ 3] Kondo K., Inouye M.
  35.      J. Biol. Chem. 266:17537-17544(1991).
  36. [ 4] Kowalski L.R., Kondo K., Inouye M.
  37.      EMBL/GenBank: L23521.
  38.